做WebGIS的公司有很多，不同的行业都有不同的解决方案，建议结合你具体的行业和需求，来找符合的公司或者团队。

学习用java来搞GIS这方面的开发

java开发里最多的还是BS结构，java当然也可以做Gis的开发，我们公司就做了很多Gis的系统，就是用Java做的。现在又挺多开源的、收费的Gis框架。
一般情况下做CS结构的系统很少会用到Java的，Java做的比较多的是大型的网站系统、信息管理系统等等。Java的优势就是夸平台、速度快。
你想像Google地图、某城市的旅游地图、交通地图啊等等的，这些系统的客户会出现在不同的位置、使用不同的机器、系统，不可能让客户使用前去安装一个客户端，那样是笨拙的、不方便的，所以这些系统就会做成BS机构的，这时候用Java做就有优势了。

你说方不方便也是要看你做把地图做成什么程度了，像简单的拖拽、缩放、测量、定位、框选这些都很容易的，你要搞了复杂一些的话就要下些功夫去研究那些框架了。这方面深层的帮助文档好像不多，毕竟这方面的应用不是那么普及。

希望对您有帮助！
你的串号我已经记下，采纳后我会帮你制作

d3.js，openlayer，Leaflet或其他，哪些适合Web GIS的开发？

GIS系统，现在已经很少采用自主开发了，大部分都是采用宿主平台开发或中间件开发。自主开发在国内几乎消失（当然还有GeoSurf、SuperMap存在）、宿主平台开发正在逐步淘汰。
中间件也叫组件，从发展方向看，随着网络和移动客户端的发展，WebGis在逐渐占据主流，桌面应用在逐渐衰退，但还有市场空间。WebGis基于CGI/API/PlugIn/ActiveX等方式的开发在逐步被JAVA、HTML5+XML的RIA模式取代，RIA是学习WebGis的首选。
PC桌面应用上，可用和成熟的技术很多，如ArcGis、MapInfo、silverlight等等。不过因为XML的平台无关特点，现在很多PC应用和嵌入式应用上，也更多的开始采用RIA模式。

再说开发语言，GIS开发具有一定的语言无关性，或者说语言兼容性，多数主流语言和开发平台都支持GIS开发，在实际应用中关键是看具体需求。
从学习的角度选择语言，学习JAVA是首选，具备最大的普遍性，无论是移动客户端开发、web开发还是PC端程序开发，都可以使用。
另外，在windows平台下，silverlight+C#+ArcServer开发效率和实现效果也非常好，如果已经对win开发比较熟悉并仅应用于win平台，这个是首选。